FlyBit / REGULATORY TERMINAL
夜间基因调控数据航站
FLYBIT / GENOME DEPARTURE HALL

让每一次连接
都有清楚坐标

核对FlyBit登录、注册优惠与设备客户端,也沿着启动子、转录因子和ChIP-seq轨道理解数据从哪里来。

GATE 01官网登录
GATE 02注册优惠
GATE 03多设备客户端
LAB 04调控证据

三项使用任务,
各自保留边界

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从基因列表,
走到调控证据

序列模式只是候选。背景集合、启动子窗口、矩阵阈值、染色质状态和实验占位共同决定解释范围。

EXPRESSION
共同表达基因
PROMOTER
替代TSS与CpG岛
MOTIF
转录因子矩阵候选
CHIP-SEQ
实际占位与组蛋白轨道
REGULATORY MAP

预测与实验回答不同问题

motif富集不能单独证明转录因子在当前细胞结合。把序列偏好与ChIP-seq、可及性和表达条件并列,结论才不会越界。

打开调控图谱

五种物种,
不是五套同义数据

原cREMaG方法覆盖人、小鼠、大鼠、犬和牛。物种、组装与注释版本会改变启动子坐标和背景。

HUMAN
MOUSE小鼠
RAT大鼠
CANINE
BOVINE

证据不取巧,
结论才可复查

一次分析至少留下背景、版本与限制,避免把漂亮图形误当成完整研究。

01 / BACKGROUND

背景集合决定“过度代表”

真正有机会被检测的基因,比全基因组更接近多数表达实验的比较背景。

02 / VERSION

坐标必须属于同一组装

hg19、hg38、mm9和mm10不能只改名称;无法映射的区域也属于结果。

03 / LIMIT

motif、峰值与功能实验分层表达

序列候选、实验占位和功能因果各自有证据边界。三者一致时信心提高,冲突时应保留差异,而不是删除不方便的结果。